Kostenlose .NET-Bibliothek für Biologie-Anwendungen

Heute gibt es mal was ganz Spezielles. Wenn jemand von euch Anwendungen für den Bereich Biologie entwickelt, der wird es wohl kennen:

Ständig werden irgendwelche fachspeziefischen Funktionen benötigt, welche wiederum teilweise sehr exotische Dateiformate, wie zum Beispiel das textbasierte FASTA-Format, unterstützen müssen.

Nun gibt es die kostenlose Open Source Bibliothek „.NET Bio“, welche viele Algorithmen für Biologie-Anwendungen „Out of the Box“ bereit stellt.

.NET Bio

Die Open Source Bibliothek „.NET Bio“ steht seit letzter Woche in der Version „1.0“ kostenlos bei Codeplex als Dowload bereit.
Sie stellt viele wichtige Funktionen bereit, die Programme für die die Analyse von DNA, RNA wie auch von Proteinsequenzen benötigen.

So werden auf der Website der  Open Source  Bibliothek Beispiele wie die folgenden genannt (bitte entschuldigt, sollte ich einige Fachausdrücke nicht richtig übersetzt habe):

• Import DNA, RNA oder Protein-Sequenzen von Dateien mit einer Vielzahl von Standard-Datenformaten, einschließlich FASTA, fastq, GFF, GenBank und BED.
• Aufbau-Sequenzen erstellen.
• Manipulieren von Sequenzen auf unterschiedliche Weise, wie das Hinzufügen oder Entfernen von Elementen oder Erzeugen einer Ergänzung.
• Analysieren von Sequenzen durch Algorithmen wie Smith-Waterman und Needleman-Wunsch.
• Übertragung von Sequenzdaten zu anderen Webbsites
• Output-Sequence-Daten in einem beliebigen unterstützten Dateiformat, unabhängig vom Eingabe-Format.

Auch wenn ich persönlich nicht im Biologie-Bereich tätig bin, halte ich diesen Tipp doch für wichtig und interessant. Denn wer denkt schon, dass es soetwas kostenlos im Netz gibt? Gerade wenn es um seltene Dateiformate geht, sind die Entwickler häufig gezwungen sich ihre eigene Bibliotheken zu schreiben. Und um so erfreulicher sein, wenn es soetwas nun kostenlos im Netzt gibt.

Download

Wenn ihr also Interssante an der Open Source Bibliothek „.NET Bio“ habt, dann könnt ihr sie auf hier der Website von Codeplex herunterladen: .NET Bio.